A Universidade de São Paulo foi fundada em 1934. Neste processo surgiu o Departamento de
Matemática da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras.

Em 15 de janeiro de 1970, na Reforma Universitária, o Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo foi criado, substituindo o antigo Departamento de Matemática da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras e reunindo docentes das áreas de Matemática, Ciência da Computação e Estatística de vários outros institutos da USP.

Atualmente o IMEUSP organiza-se em quatro departamentos: Matemática, Matemática Aplicada, Estatística e Ciência da Computação, oferece disciplinas para diversas unidades da USP e mantém boas avaliações na CAPES.